Институт геоэкологии им. Е.М. Сергеева Российской академии наук (ИГЭ РАН) был создан на основании постановления Президиума РАН от 25 мая 1996 г. № 95 на базе объединения Инженерно-геологического и геоэкологического научного центра (ИГЦ РАН), Научно-инженерного сейсмологического центра и Комплексной лаборатории гидрогеологии и природосберегающих технологий РАН и Госкомвуза РФ (г. Санкт-Петербург). Предыстория создания ИГЭ РАН ведет отсчет с 1979 г., со времени создания по инициативе и под руководством академика Е.М. Сергеева сектора геологии окружающей среды в Институте литосферы АН СССР (ИЛСАН). В 1988 г. сектор был трансформирован в отдел инженерной геологии и охраны окружающей среды, объединяющий три лаборатории, а его руководителем назначен член-корр. АН СССР В.И. Осипов.
Академик Е.М. Сергеев и член-корр. В.И. Осипов приложили много усилий для создания самостоятельного научно-исследовательского учреждения инженерно-геологического и геоэкологического профиля в системе АН СССР. При поддержке вице-президента Академии наук Н.П. Лаверова 1 января 1991 г. был открыт Инженерно-геологический и геоэкологический научный центр (ИГЦ АН) на правах института на базе подразделений инженерно-геологического профиля ИЛСАН.
Директором-организатором ИГЦ АН (в дальнейшем – ИГЦ РАН) был назначен член-корр. В.И. Осипов. Заместителем директора по научной работе стал д.г.-м.н. В.М. Кутепов, по общим вопросам – И.А. Абалихин. Должность главного бухгалтера заняла Н.П. Кудинова, ученого секретаря - В.С. Бондаренко, помощника директора - Т.А. Додонова. В ИГЦ РАН было создано 6 научных лабораторий: «Грунтоведения и механики грунтов», «Экзогенной геодинамики», «Эндогенной геодинамики и новейшей тектоники», «Сейсмического микрорайонирования», «Геоэкологии Москвы и городских агломераций» и «Техногенного изменения подземных вод», которые соответственно возглавили член-корр. (с декабря 1991 г. – академик РАН) В.И. Осипов, д.г.-м.н. В.М. Кутепов, д.г.-м.н. В.И. Макаров, д.ф.-м.н. А.С. Алешин, к.г.-м.н. Л.В. Бахирева и к.г.-м.н. С.М. Чесалов. В 1993 г. с приходом в ИГЦ РАН д.г.-м.н. В.М. Гольдберга на основе лаборатории «Техногенногоизменения подземных вод» была создана лаборатория «Гидрогеоэкологии», а в 1996 г. сформирована лаборатория «Геоинформатики и компьютерного картографирования» во главе с к.ф.-м.н. О.К. Мироновым.
Потребность дальнейшего усиления фундаментальных исследований и координации работ по геоэкологии, инженерной геологии, гидрогеологии и инженерной сейсмологии в рамках приоритетных направлений РАН предопределила необходимость совершенствования структуры академических учреждений, занимающихся этими проблемами. В 1996 г.
Президиум РАН издал постановление об организации Института геоэкологии (ИГЭ РАН) путем слияния трех структурных подразделений Академии наук (см. выше). Директором института был утвержден академик РАН В.И. Осипов; заместителями директора - д.г.-м.н. В.М. Кутепов, член-корр. РАН В.А. Мироненко (директор СПб отделения), член-корр. РАН А.В. Николаев (руководитель Сейсмологического центра) и И.А. Абалихин (по общим вопросам). Ученым секретарем ИГЭ РАН избрана к.г.-м.н. Н.А. Румянцева.
В структуру ИГЭ РАН вошли 6 научных лабораторий ИГЦ РАН, 2 – Сейсмоцентра и 2 – Санкт-Петербургского отделения. Лаборатории возглавили академик В.И. Осипов, доктора наук: А.С. Алешин, В.М. Кутепов, В.П. Зверев, В.И. Макаров, В.А. Аниколенко, В.Г. Румынин, и кандидаты наук: В.Г. Заиканов, О.К. Миронов, Ф.Г. Атрощенко. Общая численность Института составила 144 человека.
Дальнейшее развитие института было связано с наращиванием научного потенциала, расширением направлений исследований и открытием новых лабораторий. В 1996 г. была создана лаборатория «Дистанционного мониторинга геологической среды», возглавляемая д.г.н. А.С. Викторовым. В 1999 г. с приходом в ИГЭ РАН д.г.-м.н. А.Л. Рагозина была образована лаборатория «Анализа геологического риска». А.Л. Рагозин сменил В.М. Кутепова на посту зам. директора института по научной работе. В 2000 г. в ИГЭ РАН сформирована лаборатория «Геокриологии», которую возглавил д.г.-м.н. А.В. Брушков, а с 2002 г. - д.г.-м.н. Г.З. Перльштейн. В 2000 г. в связи с безвременной кончиной чл.-корр. РАН В.А. Мироненко директором Санкт-Петербургского отделения стал д.г.-м.н. (с 2003 г. – чл.- корр. РАН) В.Г. Румынин.
В 2002 г. в ИГЭ РАН было создано еще одно подразделение на правах лаборатории «Отдел информационно-измерительных систем» во главе с А.А. Гинзбургом. В 2005 г. произошла реорганизация Сейсмологического центра. Лаборатория «Наведенной сейсмичности» переименована в лабораторию «Сейсмического риска», на заведование которой был приглашен д.т.н. В.И. Ларионов; вместо лаборатории «Деформационного мониторинга и сейсмического микрорайонирования» создана лаборатория «Сейсмического мониторинга», которую возглавил д.т.н. А.В. Серый, а позже – к.г.м.н. А.Д. Жигалин. Кроме того, в Сейсмоцентре была открыта лаборатория «Инженерной геофизики и сейсмического микрорайонирования», которую возглавил к.г.-м.н. В.В. Севостьянов. В 2005 г. в ИГЭ РАН создана лаборатория «Изучения состава и свойств грунтов» во главе с к.г.-м.н. В.Н. Кутергиным.
К концу первого десятилетия своего существования, к 2006 г. ИГЭ РАН сформировался как многопрофильный научный институт, включающий 16 лабораторий: 8 – геоэкологического и инженерно-геологического профиля, 3 – Сейсмологического центра, 2 – Санкт-Петербургского отделения и 3 – общеинститутские; с общей численностью 120 человек, из них 85 – научных сотрудников. В составе института был 1 академик РАН, 1 чл.-корр. РАН, 12 докторов наук и 46 кандидатов наук. 21 ноября 2006 г. Президиум РАН принял постановление № 331 о присвоении Институту геоэкологии имени академика Евгения Михайловича Сергеева. С тех пор прошло 15 лет. За это время структура института и состав его сотрудников претерпели изменения. На смену первому поколению ученых - основателей института, пришли новые руководители и научные работники. Сменились заведующие многими лабораториями. Вместо ушедших из жизни В.И. Макарова, В.М. Кутепова, А.Л. Рагозина, В.П. Зверева, Г.З. Перльштейна, О.К. Миронова во главе лабораторий ИГЭ РАН встали их коллеги и ученики: д.г.-м.н. В.М. Макеев, к.г.-м.н. И.В. Козлякова, к.г.-м.н. В.Н. Бурова, д.г.-м.н. И.В. Галицкая, к.г.-м.н Д.О. Сергеев, к.г.н. Е.А. Карфидова. В 2019 г. на должность заведующего лабораторией «Изучения состава и свойств грунтов» вместо В.Н. Кутергина был назначен к.г.-м.н. Ф.С. Карпенко, а в 2020 г. заведующим лабораторией «Инженерной геофизики и сейсмического микрорайонирования» стал к.г.-м.н. Б.А.Трифонов.
В структуре института наметилась тенденция объединения и укрупнения лабораторий. В 2012 г. лаборатория экзогенной геодинамики и лаборатория анализа геологического риска были объединены в одну «Экзогенной геодинамики и анализа геологического риска», во главе с к.г.-м.н. И.В. Козляковой. В том же году была упразднена лаборатория «Сейсмического мониторинга».
В 2013 г. в соответствии с Федеральным законом от 27.09.2013 г. институт перешел в ведение Федерального агентства научных учреждений, а в 2018 г. в соответствии с Указом Президента от 15.05.2018 г. и распоряжением Правительства РФ от 27.06.2018 г. − в ведение Министерства науки и высшего образования РФ. В 2015 г. в связи с возрастными ограничениями для лиц, занимающих руководящие должности, академик В.И. Осипов сложил полномочия директора ИГЭ РАН, заняв должность Научного руководителя института. По результатам выборов, директором ИГЭ РАН на срок 2015-2020 гг. был назначен д.г.-м.н. С.В. Козловский. Спустя 5 лет, в ноябре 2020 г. новым директором института был избран профессор, д.г.-м.н. Е.А. Вознесенский. В 2021 г. был сформирован новый состав руководства института и обновлен состав Ученого совета. Заместителями директора стали чл.-корр. В.Г. Румынин (директор СПбО ИГЭ РАН), д.г.-м.н., профессор РАН П.С. Микляев, к.г.-м.н. А.И. Казеев, к.г.-м.н. А.А. Каныгин; ученым секретарем института - к.г.-м.н. Н.А. Румянцева.